国家生物信息中心发布「癌症单细胞表达图谱」数据库:整合 208 个癌症 scRNA-seq 数据集

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IT之家 12 月 4 日消息,据中科院官网,近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库 CancerSCEM 上线

据介绍,ancerSCEM 1.0 版本整合分析了 208 个癌症 scRNA-seq 数据集,涵盖肺腺癌(LUAD)、结肠直肠癌(CRC)、恶性胶质瘤(GBM)等在内的 20 种人类癌症类型。研究团队还还开展了一系列附加分析,包括不同细胞类型间基因差异表达分析(可为新型标志物筛选提供参考)、细胞表面受体-配体基因对表达谱等,可为用户提供更加丰富的肿瘤微环境相关信息

此外,该数据库还为用户提供浏览、多重检索、在线分析及下载等服务功能,用户可采用首页快速检索、词云及精确检索等途径查询感兴趣的癌症单细胞数据集或样本。数据库还配备了一个交互式综合在线分析平台,共集成 2 个分析模块与 7 个分析功能。

▲ CancerSCEM 数据库在线分析平台的 7 个分析功能展示

IT之家了解到,该研究工作得到中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目资助。

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